隨著拜仁慕尼黑在世俱杯1/4決賽被巴黎淘汰，現年35歲的托馬斯·穆勒正式結束了自己長達25年的拜仁生涯。
2000年夏天，不滿11歲的穆勒正式加入拜仁慕尼黑青訓，開啟拜仁生涯。2008年8月15日，穆勒在拜仁2-2戰平漢堡的比賽中首次代表拜仁一線隊登場。
效力拜仁的25年時光里，穆勒共代表拜仁一線隊出戰756場比賽，貢獻250粒進球和276次助攻，是拜仁隊史出場次數最多的球員。此外，穆勒在17年德甲生涯中共出戰503場比賽，收獲150球和211次助攻，是德甲歷史助攻王。
穆勒共幫助拜仁拿到33座冠軍獎杯，包括13次德甲冠軍、2次歐冠冠軍、2次世俱杯冠軍、2次歐洲超級杯冠軍、6次德國杯冠軍、8次德國超級杯冠軍。其中穆勒以13次德甲冠軍追平吉格斯并列五大聯賽球員聯賽冠軍數榜首。
遺憾的是，拜仁在世俱杯止步8強，穆勒的拜仁生涯沒有一個冠軍獎杯圓滿結束。而穆勒的下家目前暫未確定。